Un 35 es a priori mejor por dos motivos:
Tu d5000 es dx, por lo que el 35mm es la focal equivalente al 50mm fx. O sea que si lo que buscas es la distancia focal equivalente al ojo humano, el 35 es tu objetivo. El 50, siendo un buen objetivo, te quedará un poco largo. Esto lo puedes comprobar con el 18-55, poniéndolo a 35 y a 50mm.
El segundo motivo es relativo. Si has elegido el 50 AF-S (el G), no hay diferencia, puesto que en ambos te funcionará el autofocus, pero si eliges el D tendrás que enfocar manualmente, cosa nada sencilla con el oscuro visor de tu d5000 (te lo dice uno que tiene una igual).
En fin, yo, si tuviera dinerito ahora mismo, me compraria el 35. Pero cada cual...
EDIT: No obstante, como te apunta dinotxo, la calidad óptica del 50 es superior... motivos hay tanto para comprar uno como el otro.
Feliz año!