Hola:
Yo opte en mi caso por la D5100 + VR 18-105 y estoy mas que contento (La compre hace un mes).
Mis criterios entre otros fueron calidad/precio y cargar poco. Ya no estoy para andar cargando 3 lentes conmigo (Lo hice durante mas de 20 años con la camara de film).
Me decidi por el 18-105 porque es mejor para pasear, y el 18-200 sale mas que el doble y pesa mucho (muucho )mas.
La D90 me parecia muy grande y pesada al igual que la D7000, ya que las dos incluyen motor de foco interno y tienen mas proteccion climatica y mas metal.Por supuesto que son de un nivel de calidad considerado superior a las 3100 y 5100 que son consideradas "Entry-Level". Pero se nota en el precio y en el peso.
Como la mayoria de los lentes Nikon (y las compatibles) vienen hoy con su motor, no es necesario cargar con "dos motores".
Entre la eleccion entre el 18-55 y el 18-105 es una cuestion de presupuesto. Se puede empezar con uno y luego cambiar (En lentes no hay problemas de divorcio)
La D5100 tiene el mismo sensor que la D7000, la gran diferencia es en el numero de puntos de foco.
En sintesis, creo que la D5100 es un excelente equipo para empezar.
Si tenes problemas de presupuesto la D3100 viene bien, es mas simple y con alguna que otra menos posibilidad (poe ej sin pantalla rebatible).
En este momento, gracias a que salieron la D3200 y la D5200 estan en baja de precio.
Recorda que lo que te va a quedar dentro de un par de años es la lente y que simpre se puede agregar o cambiar, de acuerdo a tus necesidades que con el tiempo y la experiencia van a ir cambiando.
Otra lente interesante, aunque un poco menos "nitida" es el Sigma OS II 18-200 HSM. Sale la mitad de lo que sale el Nikon VR 18-200, pesa 490 gr (como el 18-105 de nikon) en vez de 630 (VR 18-200) y tiene menos distorsion (aunque como dije es menos nitida).
Uno de mis amigos tiene el 18-105 y el 18-200 y esta mas contento con la calidad de foto (no de construccion, ojo) del 18-105 (que tiene montura de plastico).