Los modos de AF-A o AF-S no deberían de crear problemas, sólo perjudicaría al realizar la foto en el trípode se mueve levemente, que en un modo de enfoque ya está bloqueado y en el otro ha vuelto a enfocar por el leve movimiento. La prueba, no sé si la has realizado así, pero debes de hacerla con disparador o con temporizador.